Cell2location은 공간 전사체에서 세분화된 세포 유형을 매핑합니다.

Cell2location은 공간 전사체에서 세분화된 세포 유형을 매핑합니다.

Abstract

공간 전사체 기술은 건강 및 질병 조직의 세포 배선 다이어그램을 해결할 것을 약속하지만 포괄적인 매핑 현장에서 세포 유형의 수는 여전히 과제로 남아 있습니다. 여기에서 우리는 공간 전사체 데이터에서 세분화된 세포 유형을 해결하고 다양한 조직의 포괄적인 세포 지도를 생성할 수 있는 베이지안 모델인 сell2location을 제시합니다. Cell2location은 변동의 기술적 소스를 설명하고 위치 전반에 걸쳐 통계적 강점을 차용하여 기존 도구보다 더 높은 감도와 해상도로 단일 세포 및 공간 전사체의 통합을 가능하게 합니다. 우리는 세 가지 다른 조직에서 cell2location을 평가하고 세분화된 세포 유형의 향상된 매핑을 보여줍니다. 마우스 뇌에서 우리는 시상과 시상하부에 걸쳐 미세한 지역 성상세포 아형을 발견했습니다. 인간 림프절에서 우리는 드문 pre-germinal 센터 B 세포 인구를 공간적으로 매핑했습니다. 인간의 장에서 우리는 림프 여포의 미세한 면역 세포 집단을 분석했습니다. 종합적으로, 우리의 결과는 포괄적인 방식으로 조직 아키텍처를 매핑하기 위한 다목적 분석 도구로서 сell2location을 제시합니다.

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  • 참고자료 다운로드

    감사의 말씀

    cell2location 모델에 대한 피드백을 주신 B. Velten, Y. Huang 및 L. Marconato에게 감사드립니다. M. Prete 및 V. Kiselev는 cell2location 도구를 고정화하고 데이터 공유를 위한 웹 포털을 생성했습니다. N. Kumasaka는 단일 세포 분석에 대한 유용한 설명을 제공합니다. S. Leonard 및 K. Polanski는 공간 및 단일 핵 데이터 처리에 대한 도움을 받았습니다. 장 면역 세포 유형에 대한 조언을 위해 K. James; smFISH에 대한 조언을 위해 K. Roberts; snRNA-seq에 대한 조언을 위해 JE Kwa; 일러스트레이션 및 로고 디자인을 위한 J. Eliasova; 인간의 장 면역 세포에 대한 K. James의 조언; A. Antanaviciute, H. Koohy 및 A. Simmons가 장 Visium 데이터를 공유합니다. F. Obermeyer 및 M. Jankowiak은 파이로 코드 기반의 고급 사용에 도움을 주었습니다. 그리고 D. Rowitch와 S. Teichmann이 원고에 대한 논평을 부탁드립니다. HWK는 Sir Henry Wellcome 박사후 연구원(213555/Z/18/Z)의 지원을 받았습니다. 이 연구는 Wellcom Trust Core Funding to OAB

  • 작가 정보
  • 소속
    1. 웰컴 생어 인스티튜트, Hinxton, Cambridge, UK

      Vitalii Kleshchevnikov, Artem Shmatko, Emma Dann, Alexander Aivazidis, Hamish W. King, Tong Li, Rasa Elmentaite, Veronika Kedlian, Mika Sarkin Jain, 박준성, Lauma Ramona, Elizabeth Tuck, Anna Arutyunyan, Roser Vento-Tormo, Oliver Stegle & Omer Ali Bayraktar

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