인간 게놈의 고유하지 않은 영역에서 체세포 돌연변이의 범암 풍경

인간 게놈의 고유하지 않은 영역에서 체세포 돌연변이의 범암 풍경

Abstract

인간 게놈의 상당 부분은 적어도 하나의 다른 게놈 서열과 높은 서열 유사성을 나타냅니다. 짧은 읽기 시퀀싱 데이터에서 체세포 돌연변이의 식별에 대한 도전을 제기합니다. 여기에서 우리는 전체 게놈의 범암 분석(PCAWG) 코호트의 2,658개 암에 있는 게놈 변이체에 인간 게놈 전반의 유사한 사이트에 대한 링크를 주석으로 표시합니다. 우리는 기계 학습 모델을 훈련하여 여러 게놈 사이트에 분산된 신호를 사용하여 고유하지 않은 영역에서 체세포 이벤트를 호출하고 독립적인 데이터 세트의 연결된 읽기 시퀀싱에 대해 데이터를 검증합니다. 이 접근 방식을 사용하여 알려진 암 유전자, 면역글로불린 및 고도로 돌연변이된 유전자 패밀리를 포함하여 ~1,700개의 코딩 서열과 수천 개의 조절 요소에서 이전에 숨겨진 돌연변이를 발견했습니다. 고유하지 않은 영역의 돌연변이는 돌연변이 부담 및 치환 프로필의 관점에서 고유 영역의 돌연변이와 일치합니다. 분석은 여러 인간 암에 걸쳐 게놈 차원에서 비고유 영역의 돌연변이 사건에 대한 체계적인 요약을 제공합니다.

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  • 기부금

    모든 저자가 최종 원고를 편집하고 승인했습니다. MT는 논문의 첫 번째 초안을 작성하고, 실험을 설계하고, 통계 분석을 수행하고, 생물정보학 분석을 수행하고, 데이터 시각화를 수행했습니다. JD는 연결된 읽기 데이터의 생물정보학 분석을 수행했습니다. AV는 짧은 읽기 및 연결 읽기 데이터를 생성했습니다. AMF는 종양 샘플을 제공하고 병리학 평가를 수행했습니다. PVL은 논문 초안 작성, 실험 설계 및 연구 감독 TKTK와 공동으로 논문 초안 작성, 실험 설계, 통계 분석 수행, 생물정보학 분석 수행, 데이터 시각화 수행 및 연구 감독 PVL

    교신저자

  • Maxime Tarabichi 또는 Peter Van Loo 또는 Tomasz Konopka에 대한 서신.
  • 윤리 선언문

  • 경쟁 관심

    저자는 경쟁 이익을 선언하지 않습니다.

    추가 정보

    피어 리뷰 정보 네이처 바이오테크놀로지

    이 작업의 피어 리뷰에 기여한 익명의 심사자에게 감사드립니다.

    출판사 노트

    Springer Nature는 게시된 지도 및 기관 제휴의 관할권 주장과 관련하여 중립을 유지합니다.

    추가 정보

    추가 정보

    보충 그림. 1–28.

    보충 표 1

    요약 z – 모두에 대한 점수 및 조직학 특이성 게놈 영역. 표에는 주석 세트의 모든 유전자에 대한 요약 통계가 포함되어 있습니다. 카운트, z-점수 및 엔트로피 점수는 초변이되지 않은 샘플을 기준으로 제공됩니다.

    이 기사에 대해

    이 기사 인용

    Tarabichi, M., Demeulemeester, J., Verfaillie, A. 등 인간 게놈의 고유하지 않은 영역에서 체세포 돌연변이의 범암 풍경. Nat Biotechnol (2021). https://doi.org/10.1038/s41587-021-00971-y

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  • 받았습니다
    :

    2020년 7월 16일

  • 승인됨: 2021년 6월 2일

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  • DOI

    :

    https://doi.org/10.1038/s41587-021-00971-y